鄱阳湖是一个天然大型湖泊，里面有许多复杂的微生物，也是一个生态圈，它与湖水中的生物圈形成的是良性循环，保证生态系统的稳定。
如果把淤泥全部挖掉，新出的河床没有那么多有限的微生物去分解湖水中的腐败物质：比如鱼和其他动物的尸体，水藻等。
浮游生物生长不受控制，水体污染得不到分解，水中的生物都会慢慢死去，何况还有一些鱼儿喜欢躲进淤泥里面。同时目前的清淤能力对于鄱阳湖的影响非常小，并不能改变鄱阳湖的现状，所以不在枯水期清淤河道淤泥。
