1、用途方面的不同
水性胶主要是运用在一些建筑物间的缝隙或者漏洞的密封，具有防液体、气体和固体等透过建筑物。
结构胶具有强度高、抗剥离、耐冲击、施工工艺简便等的特性，因此适用于金属、橡胶、塑料、木材等之间的粘接，例如：可以将结构胶代替部分的替焊接、铆接等使用结构胶在工程上的运用也很广泛，可以用于构件间的连接、部件表面的保护和混凝土粘接等。
2、功能方面不同
水性胶主要的功能是粘接功能，除此之外还有其他的功能，例如：防漏密封功能、固定功能、防腐保护功能等。
结构胶主要是具有承载较大荷载的功能，还有其他的一些功能，例如：耐腐、耐老化等功能。
