虽然水绵有一定的药用价值，但是它也是有危害的。水绵如果大量繁殖，就会影响水中生物的正常活动，甚至是缠住鱼虾等，影响成活率。
如果是在稻田中养水绵，水绵大量生长在水面上，为了生长就会消耗养分和氧气。容易导致植物感染病害，影响植物的正常生长。
另外，水绵生长过多，还会导致水质发生变化。它生长和分解的过程中，会导致水出现霉味或是变臭，甚至会在水面上形成一层绿色的浮渣，严重影响水质。如果水中有生物，会影响生物的生存。
