知道
自来也应该在去打佩恩之前就有所怀疑了，而直到最后被打败的时候肯定会发现佩恩的幕后操纵是长门的。
自来也之死
在去之前，自来也就得知“晓”首领佩恩及成员小南的真实身份，原来是自己第二次忍界大战末期在雨忍村所收的徒弟。
去之前就得知了小南的身份，与佩恩战斗的时候看到了弥彦及轮回眼，从前大蛤蟆仙人亦曾对自来也预言他会收一个独当一面的孩子为徒，而这孩子会为忍界未来带来空前的和平或毁灭，总会一天他就被迫要作出“选择”他的选择会将世界引向和平或者毁灭。最初自来也以为眼前的佩恩，就是预言中的变革者，做出“选择”的时刻已经到了。
虽然成功打败了三个佩恩，结果由于大意以及不了解佩恩六道的相关情报，所以不幸被打败而牺牲。但临死前自己查出了佩恩六道及其本体的秘密（都是自己曾经遇到的忍者，六道均为尸体傀儡，受长门操控）。
