第一部分DNA酶处理:试剂为PROMEGA( RQ1 RNase-Free DNase )
目的:失活DNase酶
RNA(TE洗脱)8微升
RQ1 RNase-Free DNase 10X Reaction Buffer 1微升
RQ1 RNase-Free DNase 1微升/微克RNA
合计10微升
37℃ 30分钟孵育
加1微升的RQ1 DNase 终止液
65℃ 10分钟使DNase酶失活
(PS:经验这一步最好在核酸提取之前就处理好,具体步骤如下:取样本反复冻融三次,然后一万转离心十分钟,取上清,用0.22微米的滤膜过滤,加DNase,提核酸)
第二部分RNA-seq system V2(cat.7102)
目的:生成并纯化cDNA
一、第一链合成
1、 融解第一链cDNA合成试剂(蓝色盖)和无核酸酶的水(绿色)
2、 短时离心A3ver1 放在冰上,votex A1Ver4和A2ver3,离心后放在冰上无核酸酶水放在室温
3、 在冰上,取2ul A1和5ul total RNA (500pg到100ng)放在0.2mlPCR管里
4、 将PCR管放在PCR仪中运行程序1:
RNA量≤ 1ng时,65℃ 2min,4℃存放
RNA量> 1ng时,65℃ 5min,4℃存放
5、 PCR仪降到4℃后取出PCR管放在冰上,加入制备好的第一链合成试剂,每个样本加入3ul,混匀后,离心放在冰上:
第一链合成试剂:2.5ul buffer mixA2+ 0.5ul 酶混合液A3(共3ul)注意:加酶A3时要慢慢加入,反复吹打枪头至少5次确保酶加入进去
6、 把加入第一链合成剂和样本的PCR管放在PCR仪上运行程序2:
4℃ 1min,25℃ 10min,42℃ 10min,70℃ 15min,4℃hold