汽车指纹防盗器的工作原理是：利用人体生物特征中的指纹来控制汽车防盗系统的开启和关闭的装置，是以控制汽车本身的控制电脑、汽车门锁、发动机的供电点火系统的装置、供油供电线路和电控变速箱锁、电控发动机机盖锁、电控后备箱锁、电控手套箱锁，非法者无法解密和模拟，从而对汽车进行有效的控制，是管理和防盗的一种高科技产品。
由于人体指纹的唯一性，可以快捷清楚的实现实人制，这与目前的实名制有本质区别，通过指纹的不同，可以实现车辆管理规避人情借车防止小孩不当操控等，具有重要意义。
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