连锁店是统一配货的，旗舰店是官方的龙头店面。连锁：统一采购，统一配送、统一标识、统一营销策略、统一价格、统一核算加盟：有一家总部，提供货源。更新产品适应市场、提供指导和帮助。旗舰店首先要搞清楚“旗舰”的含义。旗舰是一些国家的海军舰队司令、编队司令所驻的军舰，因舰上挂有司令旗，故叫“旗舰”。旗舰店是竞争加剧的市场经济时代的产物，对促进连锁经营、树立品牌形象均大有益处，而且也是企业拓展市场份额的有效手段。旗舰的英文翻译是ultimate,即终极的,根本的,极限的,最后的。在当今日趋激烈的竞争环境里，市场机会对于小资本的独立创业者来说已是越来越少。
官方旗舰店和专卖店的质量品质还是有差别的。
官方旗舰店的商品不全是专柜货，也有一些是专为网上销售的单品，设计和款式都一样，只是品质有差。
这大概是很多人没有想到的事，国内的一些大品牌在网上设立的官方旗舰店，有很多款是专门为网上设立的引流款和流量款，虽然比不得专柜品质的考究，但整体设计和细节也都是在线的，只是材质可能没有专柜那么高级。
很多国内一线的大品牌都是有两套生产线的
一套生产线生产正常的专柜产品，一个生产线生产网上旗舰店才有的款式。这也是为什么有人在网上旗舰店买到的商品，不仅在专柜找不到同款，品质还有差的原因。在网上销售的商品，也不意味着质量差，只是不是和专柜一个的品质就是了。
相对来说，专柜的品质是最好的。这也是品牌方为了保证专柜的口碑和市场影响力而坚持的做法，也是给实体店一个定心丸。
1.旗舰店是商家以企业自有品牌入驻商城所开设的店铺称为该品牌的“官方旗舰店”。专营店是企业持正规品牌授权书在商城开设该品牌的店铺，称为“品牌专卖店”。2.旗舰店是同一品牌、同一个一级类目下的所有产品。专卖店是授权品牌下同一级类目内的所有产品。3.旗舰店需要国家商标总局颁发的商标注册证或商标受理通知书，也就是说需要注册商标。专卖店需要品牌所有者出具的国家商标总局颁发的商标注册证，申请开店企业提供的品牌所有者出具的正规授权书，授权书需无地域限制，且授权有效期不得早于2013年12月31日。品牌所有者若为个人，则需同时提供身份证复印件并在授权书上签字。
价格基本相同。旗舰店是指某一品牌在某城市中最大且最为丰富齐全的营业店，或拥有最快上市速度等特点为一体的专门店或专营店。旗舰店主要有三种建店模式一是代理商建店，二是生产商直接建店，三是集成商建店。旗舰店的选址要注意商圈及周边的人口密度，要有发达便利的公共交通，选址也须与所在城市发展规划相衔接。
