遗传因素。出现孕卵异常，是胎停育的主要原因，大约50%甚至更多的胚胎停育，是继发于胚胎染色体异常，如精子或卵子染色体的异常。往往从排出物来看，胚胎往往发育不全或完全枯萎，有时仅存有羊膜囊而不见胚胎。大约 22～60% 的标本中有染色体异常。导致孕卵异常的可能原因是，卵子或精子的缺陷或两者均有缺陷。
父母双方原因。如妈妈身体本身存在缺陷或者患有疾病，另外大约有 10～15% 的男性精子中含有一定数量的细菌，也可能影响胚胎发育。
其他外界因素。在孕早期服用了对胚胎有害的药物、病毒感染、接触放射性物质、有毒的化学制剂等。
