酸奶发酵的主要微生物菌种有：
1. 经典乳酸菌：能够维持肠道正常细菌生态，缓解便秘，治疗及预防胃十二指肠溃疡，分解乳糖。
2. 乳双歧杆菌：可以用于治疗及预防结肠癌。
3. 干酪乳杆菌：具有抑制幽门螺旋杆菌在体内生长，有效地在减轻胃肠道的致病细菌性疾病。
4. 嗜酸乳杆菌：提高巨噬细胞和淋巴细胞的活力，从而提升机体免疫力，帮助消化，维持肠道酸碱平衡，抑制病原菌生长，维持肠道正常细菌生态。
5. 植物乳杆菌：主要用于传统食品发酵，是一种非常健康的微生物有机食品原料。在帮助消化的同时，对缓解肠功能紊乱、肠炎有良好的效果。
