许多研究证实，新生儿期和婴儿期应用抗生素可导致肠道菌群的改变，增加哮喘的发病风险。
2011年1月，挪威科技大学公布的一份研究报告说，如果孩子在胎儿时期接触过抗生素，或者在出生后不久接受过抗生素治疗，那么他们日后患哮喘的风险可能增加。
孩子过早接触抗生素有可能造成其肠道有益菌群被破坏，导致形成“不成熟”的免疫系统，引发过敏反应，从而提高患哮喘的风险。
