纯正的土蜂蜜颜色深浅上区别不大，都具有一定的健康益处。
蜂蜜的颜色与蜜蜂的品种、蜜源等有关，而土蜂酿制蜂蜜的时间更长一些，长时间的酿制会导致蜂蜜中的水分逐渐蒸发，蜂蜜的颜色也就相对更深一些。再加上土蜂蜜都是百花蜜，蜜源植物上的差异，蜂蜜在一定程度上会受到蜜源种类的影响，这也会导致土蜂蜜比意蜂蜜的颜色更深。
但蜂蜜的颜色深浅并非判断蜂蜜好坏的标准，一般来说，只要是自然成熟的蜂蜜，在营养价值上并不会相差很多，只是会在口感和功效上有所差别而已。因此，蜂蜜并不是颜色越深越好，有些浅颜色的蜂蜜同样营养价值很高，属于好蜂蜜。
