系统发育树又名分子进化树，是生物信息学中描述不同生物之间的相关关系的方法。
1. 进化树分支上的数字表示产生新的基因复制或享有共同祖先的生物体的歧异点。
2. 树枝的长度反映当这些事件发生时就存在的蛋白质与蛋白质之间的进化距离。
3. 根据进化树，不仅可以研究生物从单细胞生物到多细胞生物的进化过程，还可以粗略估计生物物种的分化时间。
4. 通过对蛋白质分子进化树的分析，为从分子水平研究物种进化提供了一种新的方法，可以更准确地判断物种的进化状态。蛋白质的分子进化树也可以作为物种分类的重要依据。
