部分蝙蝠是保护动物。例如普通蝙蝠已列入《世界自然保护联盟》（IUCN）2008年濒危物种红色名录。1996年世界自然保护联盟物种生存委员会（IUCN/SSC）出版的《1996年受胁动物红色名录》中公布了蝙蝠（翼手目）动物受胁状况。
指出处于极危险（CR）种类有26种，濒危（EN）有32种，易危（VN）有173种，总计231种，仅次于啮齿类（330种）。中国已有记录的蝙蝠（翼手目）中，有许多是特有种或稀有种，《中国濒危动物红皮书·兽类》中列入受威胁较大的蝙蝠有8种。
