1. 介质不同：油性马克笔，不能溶于水，而是溶于酒精，当笔干掉了，可以用注射器吸取少量酒精注射到马克笔里就可以直接用了。水性马克笔，比较清透，干了就加水，相比之下，水性马克笔用起来应该更加省钱。
2. 效果：油性马克笔，色彩柔和，挥发快，干后颜色会变淡。水性马克笔，颜色鲜艳，笔触清晰，多次覆盖后色彩变浑浊，但是干了之后不易变色，稳固性非常好。
3. 适合画纸不同：油性马克笔，画纸的渗透力比较强，所以比较适合描图纸或者叫硫酸纸，一般用于室内透视图的绘制，在塑料材质上画不容易擦掉。水性马克笔，通常用于在较紧密的卡纸或铜版纸上作画。用来画人物画比较好。在塑料材质上画很容易擦掉。
