山东中医药大学是一所以中医药学科为主的综合性大学，其专业设置涵盖了中医药学、基础医学、临床医学、药学、预防医学、护理学、公共卫生学、生物技术、管理学、经济学、法学、文学、历史学、教育学、理学、工学、农学、美术学等多个学科门类。
山东中医药大学的中医药学科是其主要特色，其中包括中医学、中药学、针灸推拿学、中西医结合学、中医基础理论学、中医临床学、中药制药学、中药资源与开发利用学、中药质量控制学、中药分析学、中药标准化学、中药经营管理学等。
山东中医药大学的基础医学类专业包括生物医学工程、生物信息学、生物技术、生物化学与分子生物学、病理学与病理生理学、免疫学、遗传学、发育生物学、细胞生物学、神经生物学、解剖学与组织胚胎学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、眼耳鼻喉科学、皮肤病学、急诊医学、医学影像学、医学检验学、医学实验技术学、药理学、药物分析学、药剂学、放射医学、病原生物学、流行病学、卫生检验与检疫学、卫生统计学、卫生监督学、卫生管理学等。
山东中医药大学的临床医学类专业包括内科学、外科学、妇产科学、儿科学、眼耳鼻喉科学、皮肤病学、急诊医学、麻醉学、精神病学、放射医学、肿瘤学、康复医学、老年医学、口腔医学、中医学、中西医结合学、针灸推拿学、蒙医学、藏医学、民族医学等。
山东中医药大学的药学类专业包括药物化学、药物分析学、药物制剂学、药理学、药物代谢与药物毒理学、药物质量控制学、药物经营管理学、药物信息学、药物法学、药物统计学、药物检验学、药物分析技术学、药物标准化学、药物资源与开发利用学等。
山东中医药大学的预防医学类专业包括预防医学、流行病学、卫生检验与检疫学、卫生统计学、卫生监督学、卫生管理学、环境卫生学、职业卫生学、食品卫生学、营养学、毒理学、职业病学、社会医学、健康教育学、卫生经济学等。
山东中医药大学的护理学类专业包括护理学、护理管理学、护理诊断学、护理技术学、护理心理学、护理社会学、护理经济学、护理信息学、护理法学、护理教育学等。
山东中医药大学的公共卫生学类专业包括公共卫生学、社会医学、流行病学、卫生检验与检疫学、卫生统计学、卫生监督学、卫生管理学、环境卫生学、职业卫生学、食品卫生学、营养学、毒理学、职业病学、健康教育学、卫生经济学等。
山东中医药大学的生物技术类专业包括生物医学工程、生物信息学、生物技术、生物化学与分子生物学、病理学与病理生理学、免疫学、遗传学、发育生物
