考虑一下算法的复杂度，时间和空间复杂度，一般来说，这种问题都是由于算法本身不够精简导致的，比如可以通过单循环实现的却加入了两层循环。
另外可以考虑一些工具包，比如Numpy之类的，这些工具包并非全部由python写成，执行效率会更高，而且对于底层代码的优化很好，所以可以实现更高效的计算。
如果是进行神经网络计算的话，建议使用框架，借助GPU加速进行计算，大量的矩阵计算十分消耗计算资源，但是对于GPU的并行计算来说却又十分方便。
