我们假设题主是想为特定的平台定制一个特定的Linux系统。这样的工具有很多，可以参考这篇文章：http://tinylab.org/linux-lab-full-rootfs/
介绍了七种制作Linux系统的工具：
Linux基金会为Rootfs制定了规范文档：LinuxFHS，社区可以基于它开发自己的实现，下面是社区的一些候选制作方法：
1.Busybox，BusyBoxcombinestinyversionsofmanycommonUNIXutilitiesintoasinglesmallexecutable.
2.Buildroot，asimple,efficientandeasy-to-usetooltogenerateembeddedLinuxsystemsthroughcross-compilation.
3.Openembedded，thebuildframeworkforembeddedLinux.
4.Yocto，NOTANEMBEDDEDLINUXDISTRIBUTION,ITCREATESACUSTOMONEFORYOU.
5.LFS，aprojectthatprovidesyouwithstep-by-stepinstructionsforbuildingyourowncustomLinuxsystem,entirelyfromsourcecode.
6.CLFS，aprojectthatprovidesyouwithstep-by-stepinstructionsforcrossbuildingyourowncustomizedLinuxsystementirelyfromsource.
7.Distributions，top10mostpopularlinuxdistributionscompared
Busybox小巧轻灵，本身提供了常见Unix工具集的tiny实现，麻雀虽小，五脏俱全，进行微小的调整就可以制作一个随Linux内核启动的符合FHS的文件系统，特别适合入门嵌入式Linux开发，不需要花很多时间，就可以了解Linux文件系统的组织结构和启动引导过程。
Buildroot，看名字主要是制作Rootfs，集成了Busybox，uclibc等大量轻量级的工具、代码库，可以用熟悉的内核配置工具来配置，用于制作面向嵌入式环境的根文件系统，所以之前就用它来制作了LinuxLab的minirootfs。它不仅提供了多种架构预先编译的交叉编译工具链，本身也可以用来制作交叉编译工具，还可以用来编译内核、Qemu等。为什么不用Buildroot来制作fullrootfs呢？最重要的是，它没有包管理，需要有一个基础的下载和编译过程，这个是有点费时间。但是，如果需要制作比较小的嵌入式系统，这个过程是值得的，首次编译以后，后面就相对比较轻松。
Openembedded，提供了更灵活的配置功能，引入了“菜谱”这样的概念，引入了专门的配置工具：Bitbake，也增加了可扩展性，但是复杂度和编译时间大大增加。相比而言，Buildroot隐藏了这些细节。
Yocto，相比Openembedded在配置性和可扩展性上更进一步，甚至通过引入BSPs，支持真实的机器和开发板，也可以通过配置加入包管理工具，所以它有能力通过大量预制的“菜谱”制作一个完整的LinuxDistribution。Yocto和Openembedded之间共享Bitbake和openembedded-core，它们是Openembedded的构建系统，Yocto基于此做了自己的构建工具：Poky。Yocto和Buildroot的更完整比较请看：Buildrootv.s.Openembedded/YoctoProject。
LFS,LinuxFromScratch，从名字就可以理解，它是从头开始制作一个Linux，manually,step-by-step，相比Busybox，它包含了各种normal-size的包，本身还会制作工具链，制作代码库，Busybox带了tiny-size的代码库，但是没有工具链。
CLFS，CrossLFS，这里主要体现是交叉编译，就是在一个架构上step-by-step完成另外一个架构的LFS过程。
Distributions，Linux世界的发行版百花齐放，不同主题、不同桌面、不同领域、不同更新频次、不同包管理工具让人眼花缭乱，目前业界还在常用的有这么几种：Ubuntu、Debian、ArchLinux、CentOS、Android。Ubuntu现在被各大企业广泛使用，每年4月和10月各发行一个版本；Debian更新更慢，可能也更为稳定；ArchLinux的package滚动更新，比较快能拿到单个软件的新版本；CentOS基本是Redhat的社区版；Android面向手机。Distributions的好处是有预编译的工具链、工具以及Qemu，还有各种代码库，比较适合聚焦应用开发。不过并不是所有发行版都支持多种架构，这里头Ubuntu和Debian是特例，它们都支持ARM、PowerPC和S390，Debian还支持MIPS。除了CD包，Ubuntu还提供了Ubuntu-base（非常基础）和Ubuntu-core（功能更丰富）的文件系统的压缩包，14.10以后只提供制作好的img，之前有纯粹的压缩包。另外，Ubuntu和Debian都提供了debootstrap机制，允许直接拉一个base系统，然后在之上安装其他的package。
