geo功能分析

更新时间:02-02 教程 由 思君 分享

geo功能分析?

我们的目标是要从读懂文献到复刻文献实验,再到掌握GEO数据挖掘的能力。首先便是要广泛阅读,在读文献时,提炼脉络,读懂文献使用了哪个或哪些GSE数据集,对数据做了哪些处理。了解清楚后,便可下载相应的数据集,得到表达矩阵,作差异分析,注释等一系列下游分析。一篇文章可以有一个或多个GSE数据集,一个GSE里可以有一个或多个GSM样本。多个研究的GSM样本可以根据研究目的整合为一个GDS,每个数据集有着自己对应的芯片平台(GPL),一个GSE里可能有多个平台测出的数据。本分析是基于R语言的平台,所以需要一些R语言的基础知识。

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