学完linux再学java？
不会的，一个是操作系统，一个是编程语言。
这就跟【学完windows再学java会有难度一样吗】一样的道理。
猜测你是想两个都想学习，那么.....
Linux和Java，以哪个为主的问题？这个主要还是看你以后的发展方向。
开发
如果打算做开发，那肯定是侧重Java了，你甚至可以在windows中开发。不过如果还想兼顾Linux的学习的话，强烈建议安装一个Linux开发版，在Linux中开发，开发的过程中也会接触到Linux的，比如部署你的Java应用到服务器之类 。
这样在写Java的过程中也接触了一定的Linux知识，慢慢积累。
运维
如果打算做运维，那就反过来，要精通Linux。做一个好的运维，不仅仅需要了解不同服务器之间的区别，还需要了解不同语言之间的性能优劣势，比如 Java 或ruby应用程序性能有问题，运维最好也能分析解决，比如java的GC机制、性能分析、调优，或是ruby不同框架的性能瓶颈等等。
服务器linux由于它的安全性能稳定，通常作为java的服务器存在，很少有听说查过的项目会部署在windows上。
公司里面的运维岗位，经常会要求你熟悉linux，不仅要熟悉了，再部署，还需要熟悉各个发行版本的优缺点。
开发环境但很奇怪的是，国内的有相当一部分的java程序员会在windows上做开发。
毕竟程序也出来开发程序以外，还需要做一些文档上的沟通，而对于系统的熟悉程度，以及文档的兼容性，windows是一个非常合适的系统。
尽管他是收费的。
有什么问题可以留言或者是评论！
以上，希望能帮到你，祝好！
