中国最好的医学系大学排名前五的有北京协和医学院排名第一、北京大学医学部排名第二、上海交通大学医学院排名第三、复旦大学上海医学院排名第四、四川大学华西医学中心排名第五。
医学系最好的大学排名：北京协和医学院排名第一、北京大学医学部排名第二、上海交通大学医学院排名第三、复旦大学上海医学院排名第四、四川大学华西医学中心排名第五、华中科技大学同济医学院排名第六、浙江大学医学院排名第七、中山大学中山医学院排名第八、中南大学湘雅医学院排名第九、首都医科大学排名第十。
其中，首都医科大学，该校是北京市重点建设高校，拥有11个学院和1个研究中心。目前有11个学科进入了ESI全球排名前1%，学科建设成果丰硕，其中临床医学学科进入前1‰。是医学系实力比较强的大学。
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1、北京协和医学院
是医学系排名第一的医学院，在中国大学排行榜中位于第1名。报考该校临床医学八年制专业的考生须在志愿中填报清华大学的临床医学专业。学院由卫健委直属，入选世界一流学科建设高校。
2、中南大学湘雅医学院
是我国第一所中外合办的医学院，拥有8个博士点和9个硕士点。学院人才辈出，师资雄厚，聘有3位两院院士，还有数十位长江学者和国家杰青获得者。该校毕业生深受用人单位欢迎，多年来就业率稳居90%以上。
3、上海交通大学医学院
在国内外声誉较高，开设有临床医学、口腔医学、儿科学等8个本科专业。学院的临床医学、免疫学、药理学与毒理学等8个学科进入了ESI全球排名前1%。上交医学院共计获得国家自然科学基金708项，已连续十一年稳居全国第一。
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